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Las vacunas sistemáticas están indicadas en toda la población, con excepción de los casos de contraindicación general o individual. Se aplican en programas de salud pública, con el objetivo de obtener elevadas coberturas vacunales. Las vacunas sistemáticas de las Islas Baleares son las siguientes:

Las vacunas no sistemáticas, en cambio no se administran como parte de programas de salud. Su aplicación tiene carácter individual y se basa en las indicaciones formuladas por el médico a la vista de las circunstancias personales o ambientales que rodean al paciente p.ej.:

• Vacuna antitifoidea: en personas que se trasladan a zonas endémicas con elevada incidencia de fiebre tifoidea. Después de catástrofes, especialmente en inundaciones y terremotos.
• Vacuna antineumocócica 23-valente: en personas e 65 años o más. En personas afectadas de enfermedades crónicas (cardíacas, pulmonares, renales, enfermedad de Hodgkin, mieloma múltiple, cirrosis hepática, alcoholismo, inmunodepresión, asplenia orgánica o funcional, etc.)
• Vacuna antigripal: en personas de 65 años o más. Personas de todas las edades (niños y adultos) afectados de enfermedades cardiorrespiratorias crónicas y procesos debilitantes.
• Vacuna antirrábica: profilaxis preexposición, a la infección de individuos con riesgo elevado de exposición al virus (perreros, veterinarios, personal de laboratorio que trabaja con el virus).
• Profilaxis postexposición de los individuos que han sido mordidos por un animal rabiosos o potencialmente rabioso.
• Vacuna antihepatitis B: profilaxis preexposición de las personas que pertenecen a grupos de riesgo (personal sanitario, pacientes sometidos a hemodiálisis, hemofílicos, presos, homosexuales, drogadictos, internos en instituciones para deficientes mentales, contactos familiares y sexuales de portadores de virus de la hepatitis B. Profilaxis postexposición de los recién nacidos hijos de madres HBs-Ag positivas y de las personas que han sido objeto de exposición percutánea.
• Vacuna antihepatitis A: Personas de menos de 30 años que viajen a países con endemia de hepatitis A. Manipuladores de alimentos. Homosexuales varones promiscuos. Trabajadores de guarderías. Personas infectadas por el virus de la Hepatitis C. Consumidores de drogas por vía parenteral.